在股权转让协议纠纷中，如果双方当事人对管辖有约定且约定有效的，应适用其约定；没有约定或约定不明，应适用法律规定，即由被告住所地或合同履行地人民管辖。对于被告所在地，人们一般不会有歧义。而对于股权转让的合同履行地，应为股权转让的目标公司的公司注册地。
【法律依据】
《民事诉讼法》第二十六条，因公司设立、确认股东资格、分配利润、解散等纠纷提起的诉讼，由公司住所地人民管辖。