小食品备案证办理流程如下：
1、申请食品经营许可，应当向申请人所在地县级以上地方食品药品监督管理部门提交下列材料：食品经营许可申请书；营业执照或者其他主体资格证明文件复印件；与食品经营相适应的主要设备设施布局、操作流程等文件；
2、而利用自动售货设备从事食品销售的，申请人还应当提交自动售货设备的产品合格证明、具体放置地点，经营者名称、住所、联系方式、食品经营许可证的公示方法等材料；
3、如果申请人委托他人办理食品经营许可申请的，代理人应当提交授权委托书以及代理人的身份证明文件。
食品经营者应建立从业人员健康检查制度和健康档案制度。食品经营从业人员必须取得健康证明后方可从事食品流通经营活动，每年应当依法进行健康检查。健康证明材料应由县级以上医院或卫生防疫部门出具；偏远农村的也可由乡镇医院或卫生防疫部门出具。
办理《食品小经营店备案证》所需材料：
1、需提交身份证复印件；
2、健康证复印件（必须在有效期内）；
3、营业执照副本复印件；
4、填写《食品小经营店备案证》备案登记表。
综上所述，小经营店经营者提出经营的，需要申领小经营店登记证，此前已取得的食品经营许可证在有效期内的，不需要申领小经营店登记证。登记证、备案卡也就是“三小”的“身份证”。
【法律依据】：
《中华人民共和国食品安全法》第三十六条
食品生产加工小作坊和食品摊贩等从事食品生产经营活动，应当符合本法规定的与其生产经营规模、条件相适应的食品安全要求，保证所生产经营的食品卫生、无毒、无害，食品安全监督管理部门应当对其加强监督管理。
县级以上地方应当对食品生产加工小作坊、食品摊贩等进行综合治理，加强服务和统一规划，改善其生产经营环境，鼓励和支持其改进生产经营条件，进入集中交易市场、店铺等固定场所经营，或者在指定的临时经营区域、时段经营。
食品生产加工小作坊和食品摊贩等的具体管理办法由省、自治区、直辖市制定。